10月12日，北京市卫生计生委发布《关于进一步推进新型农村合作医疗综合支付方式改革的通知》，明确自2016年起，北京市各区县要选择采取按床日、按病种（单病种或疾病诊断相关分组）等付费方式，将支付方式改革覆盖到统筹区域内50%以上提供住院服务的定点医疗机构，2018年全面推广至所有机构和病种。对不按照转诊制度就医的患者，可降低补偿比例、调整起付线，以引导居民基层首诊，逐步建立有序的分级诊疗就医格局。 
　　北京市卫生计生委提出，鼓励社区卫生服务机构的门诊服务采取按人头付费的支付方式。原则上，以新农合可用基金的30%作为签约参合人员的年度门诊补偿费用包干到社区卫生服务团队，各区县可结合前3年补偿情况确定具体付费标准。住院费用支付改革方面，对短期住院（住院少于60天）患者采取疾病相关分组（DRGs）付费方式，对长期住院（超过60天）采用总量控制、按床日付费方式，短期住院期间死亡病例保留按项目付费。短期住院服务费用按新农合可用基金的60%控制，长期住院服务费用按新农合可用基金的10%控制并测算支付标准。 
　　北京市卫生计生委将建立统一数据监测体系，针对各区县的改革工作开展针对性的评估。各区县要将医疗服务监测评价结果作为新农合最终支付费用的重要依据。