内窥镜室是集消化、呼吸系统内镜检查及镜下治疗于一体的专业科室，消化内镜专科联盟理事单位，诊断性介入肺脏病学快速现场评价培训基地。2018年进行改扩建，目前占地面积536平米，设有专用的微创诊疗室、胃镜、气管镜、肠镜诊室9间，独立清洗消毒室、储镜室等。配备高端先进的数字化内镜配套设备，包括：放大电子胃肠镜、蓝激光内镜、经鼻胃镜、超声内镜、内科胸腔镜等21条，C型臂X 射线机及内镜清洗消毒追溯系统。

开展消化系统项目有：电子胃镜检查，结肠镜检查，无痛苦内镜检查，内镜超声诊疗术，食管狭窄扩张术，食管及肠道内支架置入术，经皮内窥镜胃造瘘术，镜下鼻肠营养管置入术，食管静脉曲张套扎硬化术及镜下止血治疗，十二指肠镜下逆行胰胆管造影(ERCP)，鼻胆管引流术，胆管内支架置入术，十二指肠乳头括约肌切开取石术(EST)，内镜粘膜切除术（EMR），内镜粘膜剥离术（ESD），内镜下消化道异物摘除术，消化道息肉切除术等微创技术。呼吸系统项目有：电子气管镜检查，超声气管镜检查，气管镜下支气管肺泡灌洗，气道异物取出术，气管镜下穿刺针吸活检术，气管镜下介入治疗，内科胸腔镜，经支气管镜冷冻治疗，床旁快速病理诊断等诊疗。开展的新技术项目有：经自然腔道内镜手术（natural orifice  ,Notes）,经口内镜下肌切开术（POEM），内镜经粘膜下隧道肿瘤切除术（STER），内镜下肠梗阻导管置入术。